Un habitat préhistorique est mentionné à Peyrelevade, au lieu-dit Pecharual dans les confronts de 1277. Le Néolithique est marqué par la présence de plusieurs dolmens encore visibles sur la commune. Aujourd'hui, on trouve des traces d'habitat gallo-romain (tegulae) au lieu-dit : Saint Pierre, près du gué de la voie romaine qui permettait le franchissement du Célé.
Au Moyen Âge, la communauté de Béduer avait deux paroisses, toutes deux mentionnées dans le testament de Sibylle de Panat, veuve d'Arnaud II Barasc (1268) : Saint-Étienne et Saint-Pierre. La paroisse de Saint-Etienne comprenait 250 communiants vers 1761. L'église de cette paroisse n'existe plus : elle se trouvait située non loin du Célé, près du hameau de Bedigas. La paroisse de Saint-Pierre serait finalement devenue la paroisse principale de Béduer.
Ancienne possession de la famille de Barasc (XIe - XVIe), puis de Narbonnès, et enfin de Lostanges (XVIIe - XVIIIe), la seigneurie de Béduer domina un temps tout le territoire entre Lot et Célé et rivalisa avec l'abbaye de Figeac. La famille de Lostanges est originaire de la commune du même nom en Corrèze.
La dynastie Barasc
Dieudonné Ier (ou Dorde Ier?), fut l'un des fondateurs de la dynastie Barasc. Il mourut en terre sainte en 1085.
En 1286, Déodat de Barasc, seigneur de Montbrun, créa à Lissac un prieuré de religieuses cisterciennes dont les seigneurs de Béduer furent patrons jusqu'à la Révolution.
Pendant la guerre de Cent Ans, le seigneur de Barasc reprend aux Anglais le château de Saint-Cirq. La guerre de Cent Ans laisse la région exsangue ; cependant, protégé par le château, Béduer sera moins atteint que d'autres villages du Quercy.
Afin de repeupler et dynamiser le village après cette période, on fit venir des régions voisines : Rouergue, Auvergne, Limousin des paysans moyennant des " franchises " (avantages en nature)
Le dernier Barasc, Déodat VIII mourut en combattant les protestants en 1552.
La transition des Narbonnès
En 1562, les protestants (C. de Cornely) s'emparent du château de Béduer.
En 1569, le comte de Montgomery pille et ravage la région. Le château au est repris par les catholiques (capitaine Roques) en 1577.
Le château fut vendu à J. de Narbonnès en 1594. Sa femme en devint la propriétaire à la mort de celui-ci. Elle se remaria en 1604 avec Louis François de Lostanges qui devint son légataire universel et en hérita en 1608.
La famille de Lostanges
Les Lostanges furent des militaires peu présents à Béduer.
Le seigneur du village n'est plus alors le maître absolu, car les mœurs et les mentalités ont évolué.
La Révolution ne provoquera pas de heurts spectaculaires à Béduer, même si les pauvres gens ont de plus en plus de mal à s'acquitter de leurs charges.
La famille de Lostanges voit sa fortune diminuer ; le château est finalement vendu en 1874 puis à nouveau en 1886.La famille de Lostanges est originaire de la petite commune qui porte le même nom en Corrèze.
Époque contemporaine
Le XIXe siècle fut une période faste et prospère pour Béduer. La population s'élevait à 1 500 habitants au milieu du XIXe siècle.
L'agriculture permet une existence quasi autarcique. Dans la deuxième moitié du XIXe, la surpopulation rurale entraîne les premiers exodes des plus pauvres vers les grands travaux et les bassins industriels (constructions des routes, chemin de fer, mines).
Le phylloxera (fin XIXe) accentue le dépeuplement de la commune. La grande guerre emporte, comme ailleurs, de nombreux jeunes gens à la fleur de l'âge.
Après la deuxième guerre mondiale, la vie s'accélère : la mécanisation se généralise, les exploitations agricoles se concentrent. Le village de Béduer devient un centre d'habitation préservé pour des salariés de Figeac ainsi qu'un lieu de villégiature appréciée en vue de la retraite.
LE BOURG